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一般情况，好氧法比较适用于较低浓度污水，如乙烯厂污水；而厌氧法较适用于处理污泥和较高浓度的污水。好氧生物处理法可分为活性污泥法和生物膜法两大类。活性污泥法是水体自净的人工强化方法，是一种依靠活性污泥工作主体的去除污水中有机物的方法。存在于活性污泥中的好氧微生物必须在有氧气存在的条件下才能起作用。在污水处理生化系统的曝气池中，充氧效率与好氧微生物生长量成正相关性。溶解氧的供给量要根据好氧微生物的数量、生理特性、基质性质及浓度来综合考虑。科学院水生生物研究所研究员邱东茹学科组对活性污泥微生物菌胶团形成的机制进行较为深入的研究。他们与合作者分别从武汉和香港的城市污水处理厂分离得到喜树脂动胶菌(Zoogloearesiniphila)，开展了系列研究，取得如下结果：对两株动胶菌进行了基因组测序和注释，揭示了这一活性污泥优势细菌属的碳、氮和磷代谢的一些特点；通过转座子插入突变、基因定点敲除与遗传互补试验等分子遗传学，鉴定了MMB菌株中与菌胶团形成相关的一个大型基因簇；发现其中两个编码天冬酰胺合成酶的旁系同源基因在菌胶团形成过程中具有重要功能，这两个基因突变或敲除后能够阻断或推迟菌胶团的形成；通过比较基因组学发现类似的基因簇也存在于其他重要的活性污泥细菌基因组或宏基因组(特别是聚磷菌，该类细菌在强化生物除磷工艺中具有重要作用，但还未能分离培养)中，说明这些细菌也可以形成菌胶团，从而可通过特定工艺在活性污泥中加以富集而发挥作用；对胞外多糖的单糖组成进行了初步，并发现该基因簇中糖基转移酶基因组成上存在种间和种内差异。
